熒光顯微鏡用濾色片（色玻璃和干涉濾色片） 選取光源中的部分光譜段以獲得熒光物質的激發光以及發揮相應的截止作用從原理上講是*可以的, 但不可能配備那么多濾色片去適應所有的熒光物質的需要。如何建立zui小的濾色片系列, 組合后使之滿足各種不同的要求, 這是設計者必須要認真權衡的問題。除了功能考慮外, 還要注意成本和濾色片壽命。色玻璃和干涉濾色片價位比, 目前相差百倍, 一些軟膜干涉濾色片的壽命僅兩年有效。因此設計者必須關注“用戶”需要, 經常使用那些熒光色素, 對于特殊要求的可作為選用件特殊處理。
對于激發濾色片一般按激發光譜分為: 紫外區（UV ） 波段在340nm～ 380nm , 小于400nm; 紫ö藍區（V ） 波段在390nm～ 460nm; 藍光區（B） 波段在460nm～ 500nm; 綠光區（G） 波段在500nm～ 570nm , 目前還有黃光區（Y） 波段在570nm～ 595nm 之間, 各廠家在各激發區內還進行細分。細分的原則是按不同的激發波帶寬度和峰值, 如在B 激發中分為400nm～ 490nm; 420nm～ 490nm; 450nm～ 490nm; 465nm～ 495nm和470nm～ 490nm 5 種。
截止濾色片要阻擋非熒光在象面上出現, 來自被檢物體的雜散光和反射光一旦進入觀察系統后會使襯度降低, 因為它比熒光具有更高的亮度。對于截止濾色片的要求是它的光譜特性和它是否產生自發熒光。
設計截止濾色片的光譜特性時, 除了要考慮熒光的發射光譜外, 還需注意到激發光譜往往與發射光譜有一重疊區的處理。由于熒光大都在400nm～ 660nm 區域內, 若用長波通濾色片, 起始透射譜線為400nm , 每隔10nm～ 30nm 增加, 一般配備10 片即可滿足了。
熒光顯微鏡還常需用隔熱玻璃如（XRB1～ 3） 和色溫濾色片（牌號為SSB10～ 200） 調節色溫以適應攝影要求。
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